Los integrantes de la Comisión de Apelación serán elegidos al inicio de la administración del Poder Ejecutivo y durarán en su cargo el mismo período de dicha administración, quienes serán designados por el Secretario de Educación de entre las propuestas que envíe el Consejo Técnico del Sistema Estatal, especificando quién fungirá como Presidente, Secretario y tres vocales, designando asimismo a sus respectivos suplentes, con la finalidad de cubrir las ausencias de los propietarios, cuyos cargos son honoríficos y por lo tanto no remunerados.
Dichos integrantes podrán ser reelectos cuantas veces los designen. En caso de ausencia o inasistencia injustificada de los integrantes propietarios por más de tres meses, los suplentes tomarán automáticamente la titularidad de los cargos.
Los integrantes de la Comisión de Apelación, tanto propietarios como suplentes deberán tener conocimiento y experiencia en materia de procedimientos administrativos y legales y al menos dos de los integrantes deberán tener título de abogado o licenciado en derecho.