Para su funcionamiento el Sistema Intermunicipal de los Servicios de Agua Potable y Alcantarillado se coordinará con la Comisión Estatal del Agua para la planeación, proyección, estudios y ejecución de las obras e inversiones necesarias que garanticen la calidad de los servicios públicos de agua potable, drenaje, alcantarillado, tratamiento y disposición de sus aguas residuales, el control de las aguas pluviales, el aprovechamiento de nuevas fuentes de abastecimiento, el saneamiento y disposición final de aguas residuales, obras e inversiones que se financiarán vía cuotas y tarifas, descontando los recursos que a fondo perdido sean aportados por el Gobierno Federal, el Gobierno del Estado o de los municipios que se integren.
El Ejecutivo del Estado dictará las medidas o acuerdos conducentes a la coordinación de las actividades del organismo con otras dependencias federales, estatales o municipales.