Para la mejor administración del Organismo Operador funcionarán las unidades administrativas que se estimen convenientes, siempre y cuando estén previstas en el Presupuesto de Egresos que corresponda a cada ejercicio, con facultades específicas de tramitar y resolver lo que les corresponda de acuerdo con las funciones generales que establezca el Reglamento Interno.
El Reglamento Interno deberá prever las áreas por las que está compuesto el organismo operador para su organización y funcionamiento, definiendo para tales efectos las obligaciones y facultades que le competerán a cada una de las áreas que integran su estructura orgánica.
El Reglamento Interno deberá prever la figura del Contralor, el cual será designado en los términos de lo dispuesto por la Ley Orgánica del Poder Ejecutivo del Estado de Jalisco.
El cargo de Contralor deberá recaer en persona con reconocida trayectoria, capacidad, honestidad, confiabilidad y experiencia técnica de cinco años en la materia y que no haya ostentado cargo de representación popular los últimos cinco años anteriores a los de su designación.