La Junta de Gobierno tiene las siguientes facultades:
I. Tomar las resoluciones, dictar los acuerdos y realizar los actos necesarios para el cumplimiento de las funciones que correspondan a la Comisión;
II. Revisar los presupuestos de ingresos y egresos de la Comisión y aprobarlos, en su caso;
III. Revisar y aprobar, en su caso, los programas que le sean sometidos a su consideración por el Director General de la Comisión;
IV. Otorgar poder general para actos de administración y de dominio, así como para pleitos y cobranzas, con todas las facultades generales o especiales que requieran poder o cláusula especial conforme a la Ley así como revocarlos o sustituirlos;
V. Aprobar y emitir las normas técnicas relativas a la prestación de los servicios públicos de agua y que al efecto le presente el Director General;
VI. Autorizar al Director General, para que tramite, conforme a la legislación aplicable, la contratación de créditos necesarios para la prestación de los servicios que le correspondan a la Comisión, así como para la realización de obras, condicionando los empréstitos a la aprobación de la mayoría calificada de sus integrantes, para su posterior aprobación por el Congreso del Estado.
VII. Aprobar los proyectos de inversión del patrimonio de la Comisión Estatal; y VIII. Nombrar a su representante ante el Consejo Estatal del Agua.