Las funciones del Organismo son las siguientes:
I. La administración, operación y mantenimiento del Sistema con recorrido subterráneo, superficial, y en su caso, elevado para el transporte masivo de pasajeros en las zonas urbanas del Estado de Jalisco, especialmente en la ciudad de Guadalajara y municipios conurbados adyacentes;
II. Atender, por si o por medio de terceras personas físicas o morales a quienes otorgare las concesiones respectivas, la administración, operación y mantenimiento de otros medios de transporte, siempre y cuando se establezcan como alimentadores del tren eléctrico urbano.
III. Otorgar concesiones a personas físicas y morales, para la operación de medios de transporte distintos al tren eléctrico urbano, que sirvan de alimentadores a dicho Sistema, en la forma y términos que se establezcan en su Reglamento Interno;
IV. Administrar, hasta por el monto señalado en el Presupuesto de Egresos que le sea autorizado, los ingresos generados por el servicio público a su cargo;
V. Participar en el estudio, planeación y diseño de nuevas líneas de trenes eléctricos urbanos y suburbanos en el estado de Jalisco;
VI. Ejecutar o celebrar los actos jurídicos requeridos para el desempeño de sus funciones, con apego a las disposiciones legales aplicables; y VII. Las demás que por Ley se le encomienden.