Para el buen despacho de las funciones y atribuciones que tiene encomendadas, la Subdirección de Potabilización cuenta con las siguientes Secciones:
I. Sección Plata Potabilizadora Número 1;
II. Sección Planta Potabilizadora Número 2;
III. Sección Planta Potabilizadora Número 3 y Calderón; y IV. Sección de Desinfección.