La Junta de Gobierno estará integrada por:
I. Un Presidente, que será el Gobernador del Estado o la persona que éste designe y tendrá voto de calidad en caso de empate;
II. Un Secretario Técnico, cuyo cargo recaerá en el Director General del Organismo; y III. Representantes de los Municipios, Dependencias de Gobierno Estatal, de las organizaciones vecinales, Universidades y organismos empresariales de la forma siguiente: a) Un representante del municipio de Guadalajara; b) Un representante del municipio de Zapopan; c) Un representante del municipio de San Pedro Tlaquepaque; d) Un representante del municipio de Tonalá; e) Un representante del municipio de El Salto; f) Un representante del municipio de Juanacatlán; g) Un representante del municipio de Tlajomulco de Zúñiga; h) Un representante de la Secretaría General de Gobierno; i) Un representante de la Secretaría de Infraestructura y Obra Pública; j) Dos representantes de la Secretaría de Medio Ambiente y Desarrollo Territorial; k) Dos representantes de la Secretaría de Administración así como un representante de la Secretaría de la Hacienda Pública; l) Dos representantes de la Comisión Estatal del Agua; 5 m) Un representante de asociaciones vecinales que será el Presidente de la Asamblea General de las asociaciones de vecinos del Municipio con mayor registro de usuarios del área metropolitana de Guadalajara; n) Un representante de la universidad de mayor matricula; y o) Un representante del Consejo de Cámaras Industriales de Jalisco, A.C.