Los secretarios de acuerdos tienen las siguientes obligaciones:
I. Dar cuenta al Juez, dentro de las veinticuatro horas siguientes a la presentación, de todos los escritos, promociones, oficios y documentos que se reciban;
II. Autorizar con su firma toda clase de resoluciones, actas, despachos, exhortos, y demás actuaciones que practique el Juez;
III. Asentar las certificaciones relativas que exprese la ley o que el Juez le ordene;
IV. Asistir a las diligencias de prueba que deba recibir el Juez;
V. Expedir y en su caso, certificar las copias autorizadas que la ley determine o deban darse a las partes en virtud de decreto judicial;
VI. Cuidar que los expedientes sean registrados, foliados y entresellados rubricando las fojas en el centro, además que los oficios y documentos, cuenten con el sello respectivo;
VII. Custodiar los expedientes, documentos y valores;
VIII. Proporcionar a los interesados los expedientes en los que fueren parte, para que se impongan de su contenido dentro del local del juzgado;
IX. Remitir, bajo estricto control, a la superioridad, a la oficina central de ejecuciones y notificaciones o al archivo judicial, los expedientes;
X. Sustituir al Juez en sus faltas temporales;
XI. Tener a su cargo los libros pertenecientes al Juzgado;
XII. Custodiar el sello del juzgado;
XIII. Organizar el archivo del juzgado;
XIV. Llevar un registro diario de oficios y correspondencia diaria; de exhortos; de amparos; de entrega y recibo de expedientes al Archivo Judicial; de turno para sentencias; así como de registro de valores; y XV. Desempeñar todas las funciones que la ley y el reglamento determinen.
No obstante, en materia penal los jueces de los distintos órganos jurisdiccionales y magistrados podrán actuar sin asistencia de secretarios o testigos de asistencia, y en ese caso ellos tendrán fe pública para certificar el contenido de los actos que realicen y de las resoluciones que dicten, incluso cuando tales actos consten en registros informáticos, de audio, video, o se transcriban por escrito.
En materia penal tendrán la validez y eficacia de un documento físico original de registro, los archivos de documentos, mensajes, imágenes, bancos de datos y toda aplicación almacenada o transmitida por medios electrónicos, informáticos, magnéticos, ópticos, telemáticos o producidos por nuevas tecnologías, destinados a la tramitación judicial, ya sea que registren actos o resoluciones judiciales. Lo anterior siempre que cumplan con lo previsto en la Ley de Firma Electrónica Avanzada del Estado de Jalisco y sus municipios para garantizar su autenticidad, integridad y seguridad.