La Junta de Gobierno además de lo establecido en la Ley Orgánica del Poder Ejecutivo del Estado de Jalisco, cuenta con las siguientes atribuciones:
I. Autorizar anualmente las políticas, planes, programas y estrategias para la consecución de los objetivos y fines de la Agencia;
II. Autorizar el gasto operativo de la Agencia y su modificación;
III. Aprobar la estructura de la Agencia, así como sus modificaciones;
IV. Aprobar los sueldos y prestaciones de los servidores públicos de la Agencia, conforme a la normativa vigente;
V. Vigilar el debido cumplimiento de los criterios de austeridad, racionalidad y disciplina, conforme a los cuales la Agencia ejercerá su presupuesto;
VI. Elaborar un informe público anual, detallando las actividades realizadas por la Junta de Gobierno; 5 VII. Comunicar, por conducto del Director General, por escrito sobre el nombramiento y cualquier cambio en los miembros que integran la Junta de Gobierno;
VIII. Autorizar las modificaciones que requiera la Agencia, dejando a salvo los derechos previamente generados a favor de terceros dentro de la misma;
IX. Aprobar el Reglamento Interior, que será expedido por el Titular del Poder Ejecutivo, así como demás lineamientos y normativa interna;
X. Autorizar la estructura administrativa y operativa que formará parte de la Agencia, así como los términos en que se llevará a cabo dicha contratación a través de manera directa;
XI. Aprobar la inversión para la instalación de Establecimientos de Verificación Vehicular;
XII. Aprobar la inversión de recursos materiales para el equipamiento de grupos especializados de policías viales para la supervisión y el cumplimiento del Programa de Verificación Vehicular;
XIII. Aprobar la contratación de créditos para la construcción, instalación y operación de los Establecimientos de Verificación Vehicular propios, cumpliendo con las disposiciones de la Ley de Deuda Pública y Disciplina Financiera del Estado de Jalisco y sus Municipios; y XIV. Las demás previstas en la presente Ley y demás ordenamientos aplicables.