La Junta de Gobierno se integra por:
I. El Secretario General de Gobierno o quien determine el Gobernador del Estado, quien la presidirá;
II. Las personas titulares de las siguientes dependencias o a quien las mismas designen: a) Secretaría de Desarrollo Económico; b) Secretaría de Medio Ambiente y Desarrollo Territorial; c) Secretaría del Sistema de Asistencia Social; 4 d) Secretaría de Innovación, Ciencia y Tecnología; e) Secretaría de Planeación y Participación Ciudadana; f) Secretaría de Infraestructura y Obra Pública; y g) Secretaría de la Hacienda Pública;
III. Una Secretaría Técnica, a cargo del Director General del Instituto, quien únicamente tendrá derecho a voz;
IV. Representantes de tres Instituciones de Educación Superior de la entidad; y V. Representante de la delegación del estado de Jalisco del Instituto Nacional de Estadística y Geografía, a invitación del presidente de la Junta de Gobierno.
Cada uno de los integrantes titulares de la Junta de Gobierno designará un suplente para que asista en su representación en casos de ausencia, los integrantes de la Junta de Gobierno tendrán el carácter de miembros honoríficos sin derecho a percibir salario o remuneración alguna por el desempeño de esta función.
El presidente de la Junta de Gobierno, por sí o a propuesta del Director General del Instituto, puede invitar con derecho a voz a funcionarios públicos, representantes de los sectores privado, social o académico o personas determinadas, cuando sea necesario para el desahogo de los asuntos de su competencia.