La Junta Directiva es el máximo órgano de gobierno del Colegio y se integra por:
I. Tres representantes del Poder Ejecutivo del Gobierno del Estado de Jalisco, que serán: a) El Secretario de Educación del Estado, quien la presidirá; b) El Coordinador de Educación Media Superior; y c) El representante de la Secretaría de la Hacienda Pública;
II. Dos representantes del Gobierno Federal, designados por la Secretaría de Educación Pública; y III. Tres representantes del sector productivo que participen en el financiamiento del Colegio, quienes serán miembros del Comité de Vinculación Estatal.
Todos los integrantes de la Junta Directiva asistirán a las sesiones con derecho a voz y voto.
Los miembros titulares de la Junta Directiva podrán designar a sus suplentes, quienes tendrán las mismas prerrogativas que el propietario.