La Universidad tendrá un órgano interno de control en términos de lo dispuesto en la Ley de Entidades Paraestatales del Estado de Jalisco.
El funcionamiento y atribuciones de dicho órgano se sujetarán a las disposiciones que determine la Contraloría del Estado, tomando como ejes rectores los principios de transparencia, máxima publicidad, austeridad, disciplina financiera, rendición de cuentas y respeto a los derechos humanos.
La estructura del órgano referido en el párrafo anterior será determinada por la Junta de Gobierno, conforme a la disponibilidad presupuestaria y en los términos de la Ley de Responsabilidades Políticas y Administrativas del Estado de Jalisco.