Para ser Titular de la Rectoría se requiere:
I. Ser ciudadana o ciudadano mexicano;
II. Preferentemente ser indígena y hablante de alguna lengua indígena del Estado, priorizando a candidatas y candidatos de los pueblos de la región, principalmente Wixárikas;
III. Ser mayor de treinta años;
IV. Preferentemente poseer grado mínimo de maestría, y de preferencia en alguna de las áreas formativas de la Universidad o en área afines;
V. Comprobar experiencia de trabajo comunitario y de vinculación académica y social de por lo menos cinco años;
VI. Ser persona de amplia solvencia moral y de reconocido prestigio profesional; 12 (La porción normativa de la fracción que la refiere, fue creada por Decreto número 29524/LXIII/24 que expidió la Ley de la Universidad Intercultural de Jalisco, publicado en el Periódico Oficial El Estado de Jalisco el día veinticuatro de Febrero del dos mil veinticuatro. La porción normativa citada fue declarada invalida en el resolutivo SEGUNDO, de la sentencia derivada de la Acción de Inconstitucionalidad 71/2024 pronunciada por el Pleno de la Suprema Corte de Justicia de la Nación, la que surtió sus efectos el 25 de febrero del año 2025, fecha en que fue notificado el Congreso del Estado de Jalisco de los puntos resolutivos de la ejecutoria en mención, de conformidad con el referido resolutivo segundo) VII. Contar con reconocidos méritos profesionales, prestigio académico y experiencia en la dirección de programas académicos propios de la Universidad;
VIII. No ser ministro de culto religioso, militar en activo o dirigente de partido político o sindicato;
IX. No encontrarse en impedimentos legales que señale cualquier normatividad; y X. Las demás que establezcan otras disposiciones jurídicas aplicables.