La persona titular de la Rectoría de la Universidad Intercultural de Jalisco será nombrada por la o el Gobernador del Estado, a partir de una terna propuesta, por la Junta de Gobierno, durará en su cargo cuatro años pudiendo ser designado para un segundo periodo igual, concluido éste no podrá ocupar dicho cargo. La elección de dicho cargo no deberá estar condicionado por motivos de género.
La persona titular de la Rectoría podrá ser removida de su cargo por la o el Gobernador del Estado, siempre que la Junta de Gobierno lo justifique.