El Sistema estará integrado de forma permanente por una La Junta Estatal, órgano rector del Sistema, la cual estará conformada por las personas titulares de las siguientes dependencias o a quienes designen:
I. Titular del Poder Ejecutivo del Estado, quien la presidirá;
II. La Secretaría General de Gobierno;
III. La Coordinación General Estratégica de Desarrollo Social;
IV. La Coordinación General Estratégica de Gestión del Territorio;
V. La Coordinación General Estratégica de Crecimiento y Desarrollo Económico;
VI. La Secretaría de Igualdad Sustantiva entre Mujeres y Hombres; quien fungirá como Secretaría Técnica;
VII. La Secretaría de la Hacienda Pública;
VIII. La Secretaría de Planeación y Participación Ciudadana;
IX. La Secretaría del Sistema de Asistencia Social;
X. La Secretaría de Salud;
XI. La Secretaría de Educación Jalisco;
XII. La Secretaría del Trabajo y Previsión Social;
XIII. La Secretaría de Desarrollo Económico;
XIV. La Secretaria de Transporte;
XV. El Sistema para el Desarrollo Integral de la Familia del Estado de Jalisco;
XVI. La Secretaría de Infraestructura y Obra Pública;
XVII. La Procuraduría Social;
XVIII. Secretaría Ejecutiva del Sistema Integral de Protección de Niñas, Niños y Adolescentes;
XIX. El Instituto de Información Estadística y Geográfica de Jalisco;
XX. El Instituto de Planeación y Gestión del Desarrollo del Área Metropolitana de Guadalajara; y XXI. La Comisión Estatal de Derechos Humanos Jalisco.