La Junta de Gobierno se integrará por:
I. Un Presidente, que será el Gobernador del Estado como titular o el servidor público estatal que él designe cuando esté ausente;
II. El Director General de la Comisión, quien será nombrado por el resto de los integrantes de la Junta de Gobierno, y quien tendrá las funciones de secretario técnico; y III. Los siguientes vocales: a) El titular o representante de la Secretaría de Medio Ambiente y Desarrollo Territorial; b) El titular o representante de la Secretaría de Salud; c) El titular o representante de la Secretaría de Infraestructura y Obra Pública; d) El titular o representante de la Secretaría de Desarrollo Rural; e) El titular o representante de la Secretaría de Desarrollo Económico; f) El titular o representante de la Secretaría de la Hacienda Pública; g) El titular o representante de la Contraloría del Estado; h) Dos representantes de los municipios del Estado designados por mayoría de votos de los presidentes municipales; i) Dos representantes del Consejo Estatal del Agua; j) Dos representantes de la sociedad organizada; k) Un representante del medio académico.
Los representantes correspondientes a los dos últimos incisos serán nombrados de acuerdo con lo que establezca el Reglamento de la presente Ley.
Para la realización de proyectos específicos, la Junta de Gobierno podrá notificar o invitar a dependencias, entidades, instancias y organismos de los sectores públicos y privados, para que participen en las reuniones a efecto de conocer sus opiniones.