El Presidente de la Comisión no estará subordinado con motivo de sus funciones, a institución o autoridad alguna y desempeñará su cargo con plena autonomía. 9 Sólo podrá ser privado de su cargo por causa justificada prevista en la Constitución Política del Estado y en la Ley de Responsabilidades Políticas y Administrativas del Estado de Jalisco.
En caso de falta temporal, el Presidente será substituido por el Primer Visitador General, en los términos que para tal efecto prevea el Reglamento Interior. Cuando la ausencia fuere definitiva, lo suplirá dicho Visitador, en tanto se designa al nuevo titular en un plazo no mayor de treinta días y conforme al presente ordenamiento.