Para la eficaz operación del Dispositivo Estatal de Emergencia la Agencia coordinará la creación y administración de uno o varios fondos de contingencia para afrontar inmediatamente las emergencias fitozoosanitarias que surjan. La Agencia podrá convenir con los municipios, órganos de coadyuvancia y particulares interesados los términos de la integración y operación de estos fondos; sin embargo, las directrices generales de transparencia, equidad, rendición de cuentas y eficiencia financiera se establecerán en disposiciones reglamentarias.
El Acuerdo por el cual se active el Dispositivo Estatal de Emergencia deberá publicarse en el Periódico Oficial "El Estado de Jalisco" y describirá el ámbito de aplicación temporal, espacial, material y personal de aplicación, los esquemas de evaluación y las medidas fitozoosanitarias o de reducción de riesgos de contaminación que deban ejecutarse de manera inmediata, con la reserva de que, de acuerdo al desarrollo de la emergencia, las condiciones puedan modificarse.