La Junta de Gobierno se integrará de la siguiente forma:
I. Un Presidente que será la persona titular del Poder Ejecutivo del Estado o quien él designe;
II. La o el titular de la Secretaría General de Gobierno;
III. La o el titular de la Secretaría de la Hacienda Pública;
IV. La o el titular de la Secretaría de Agricultura y Desarrollo Rural;
V. La o el titular de la Fiscalía Estatal;
VI. La o el titular de la Secretaría de Seguridad;
VII. La o el titular de la Secretaría del Trabajo y Previsión Social;
VIII. La o el titular de la Secretaría del Medio Ambiente y Desarrollo Territorial;
IX. La o el titular de la Secretaría de Innovación, Ciencia y Tecnología;
X. La o el titular de la Secretaría de Salud;
XI. La o el titular de la Contraloría del Estado;
XII. Un representante del sector pecuario;
XIII. Un representante del sector de acuacultura y pesca;
XIV. Un representante del sector agrícola;
XV. Un representante del Consejo Mexicano de Comercio Exterior de Occidente;
XVI. Un representante del sector empresarial;
XVII. Un representante del Consejo Agroalimentario de Jalisco; y XVIII. Un representante de universidad o institución de educación superior en el estado.
Los representantes a los que se refieren las fracciones XII, XIII, XIV, XV y XVI se designarán de conformidad con el procedimiento que se establezca en las disposiciones reglamentarias que al efecto se expidan. 14 Los integrantes de la Junta de Gobierno tendrán voz y voto, con excepción de la Contraloría del Estado, quien solo tendrá voz. Asimismo, por cada miembro propietario habrá un suplente.
El Presidente de la Junta podrá invitar a las sesiones de la Junta de Gobierno a representantes de instituciones públicas federales o estatales, sectores privados o sociales que guarden relación con el objeto de la Agencia, quienes asistirán con derecho a voz pero no a voto.
El Director General de la Agencia o su suplente, participará en las sesiones de la Junta de Gobierno, con voz pero sin voto, ejerciendo las funciones de Secretario Técnico.
Las decisiones se tomarán por mayoría de votos, en caso de empate, el Presidente tendrá voto de calidad.
Los cargos en la Junta de Gobierno serán honoríficos y por su desempeño no se percibirá retribución, emolumento o compensación alguna.