La Junta de Gobierno del Instituto se integrará por:
I. La persona titular de la Secretaría de Salud o quien ésta designe, quien la presidirá;
II. La persona titular de la Dirección del Hospital Civil de Guadalajara;
III. Tres representaciones del Patronato;
IV. Una persona en representación de la Secretaría de la Hacienda Pública;
V. El Director General del Instituto, quien fungirá como Vicepresidente de la misma;
VI. Un representante del Consejo Técnico Consultivo, y VII. Un representante de la Contraloría del Estado.
La Junta de Gobierno contará con un Secretario, mismo que será designado por su Presidente.