La Junta de Gobierno, es el máximo órgano de gobierno de la Agencia y se integra por los siguientes miembros titulares y sus respectivos suplentes:
I. Un Presidente que será el Titular del Poder Ejecutivo del Estado o el funcionario público que éste designe;
II. Los vocales, que serán los titulares de las dependencias que se expresan a continuación o a quien éstos designen: a) Secretaría de Medio Ambiente y Desarrollo Territorial; b) Secretaría de la Hacienda Pública; c) Secretaría del Transporte; d) Secretaría de Seguridad; e) Procuraduría Estatal de Protección al Ambiente; f) Instituto Metropolitano de Planeación del Área Metropolitana de Guadalajara; g) Contraloría del Estado; y h) Organismo de la Sociedad Civil.
III. Un Secretario Técnico, que será el Director General del Organismo.