La Junta de Gobierno es el máximo órgano de gobierno del Instituto y se integra de la siguiente forma:
I. La persona titular de la Secretaría de Innovación Ciencia y Tecnología, quien la presidirá;
II. Ocho vocalías, que son las personas titulares de: a) Secretaría de la Hacienda Pública; b) Secretaría de Desarrollo Económico; c) La persona titular de la Subsecretaría de Educación Superior de la Secretaría de Innovación, Ciencia y Tecnología; d) Dos representaciones del Poder Ejecutivo Federal, designados por la Secretaría de Educación Pública; e) Consejo de Cámaras Industriales del Estado de Jalisco; f) Cámara Nacional de Comercio en el Estado de Jalisco; y g) Consejo Agropecuario del Estado de Jalisco; y III. Una Secretaría Técnica cuya titularidad será nombrada por la Junta de Gobierno de entre el personal del Instituto.
Asistirán a las sesiones de la Junta de Gobierno con voz, pero sin voto: a) El Director General del Instituto; y b) La persona titular del Órgano Interno de Control.
El cargo de miembro de la Junta de Gobierno es honorífico y, por lo tanto, no será remunerado.