La Secretaría tendrá a su cargo el sistema de contabilidad gubernamental, el cual será centralizado con respecto a las Dependencias del Ejecutivo, con la finalidad de contar con los elementos que coadyuven al establecimiento de las políticas de ingresos y de gasto público, así como el control y evaluación de los avances programáticos de la actividad oficial, para lo cual la Secretaría será la responsable del diseño e instrumentación del sistema contable del Gobierno del Estado, aplicando los postulados básicos de la contabilidad gubernamental, así como las normas que expida el titular del Poder Ejecutivo Estatal, atendiendo las disposiciones emitidas por la CONAC.
Los titulares de los Centros de Registro serán los responsables de la veracidad y oportunidad de la información que incorporen al sistema. La introducción de datos a la Contabilidad Gubernamental, debe generarse automáticamente y por única vez a partir de los procesos administrativos de los entes públicos.