La responsabilidad y representación del Instituto de Justicia Alternativa estará a cargo del Director General, mismo que será nombrado por el Congreso del Estado, y deberá reunir los mismos requisitos que exige la Constitución Política del Estado de Jalisco para ser Magistrado del Supremo Tribunal de Justicia:
El nombramiento del Director General del Instituto lo hará el Congreso del Estado, de acuerdo al siguiente procedimiento:
I. Para otorgar el nombramiento de Director General del Instituto el Congreso, a través de la Comisión de Seguridad y Justicia, deberá convocar a la sociedad en general, con excepción de los partidos políticos, para que propongan candidatos. Con la propuesta deberá entregarse el expediente que acredite el cumplimiento de los requisitos señalados en el párrafo primero;
II. La Comisión de Seguridad y Justicia podrá aplicar a los candidatos exámenes de aptitud para conocer su perfil profesional;
III. Será sometida a la consideración del pleno del Congreso del Estado la lista de todos los candidatos que cumplan con los requisitos del cargo;
IV. El Director General será nombrado con el voto de cuando menos las dos terceras partes de los diputados presentes;
V. En caso de que ningún candidato obtenga los votos necesarios, se realiza una segunda votación, y si persiste el empate se suspende la votación durante el plazo que estime razonable la Presidencia. Transcurrido el plazo, se repite la votación. Si se somete de nuevo a votación y no se reúnen los votos necesarios, se entiende desechada la propuesta y se emitirá nueva convocatoria; y VI. El Director General durará en el cargo cuatro años, pudiendo ser reelecto por una sola ocasión, en igualdad de circunstancias con todos los aspirantes, para desempeñarlo por otro periodo igual.