El Consejo es la máxima autoridad del Organismo, se integrará por una Presidencia, así como una representación de las dependencias estatales, ayuntamientos y cámaras empresariales, que serán designados por sus respectivos titulares y que se mencionan a continuación:
I. Secretaría de la Hacienda Pública;
II. Secretaría de Infraestructura y Obra Pública del Estado;
III. Secretaría de Transporte;
IV. Secretaría de Medio Ambiente y Desarrollo Territorial;
V. Secretaría de Trabajo y Previsión Social;
VI. Ayuntamiento de los municipios de: a) Guadalajara; b) San Pedro Tlaquepaque; c) Tlajomulco de Zúñiga; y d) Zapopan; 2 VII. Cámara Nacional de Comercio de Guadalajara; y VIII. Consejo de Cámaras Industriales de Jalisco.
IX. Cámara Nacional de Comercio de Guadalajara; y X. Consejo de Cámaras Industriales de Jalisco.
Cuando se apruebe la instalación de nuevas líneas de tren eléctrico urbano en municipios distintos a los de Guadalajara, Tlaquepaque y Zapopan, se agregará un representante del Ayuntamiento de cada uno de ellos.