Para el buen despacho de las funciones y atribuciones que tiene encomendadas, la Superintendencia de Operación cuenta con las siguientes Subdirecciones:
I. Subdirección de Distribución;
II. Subdirección de Mantenimiento de Redes;
III. Subdirección de Mantenimiento de Plantas y Pozos; y IV. Subdirección de Alcantarillado.