El Sistema será administrado por un Consejo de Administración, un Director General y las dependencias que sean necesarias para cumplir sus objetivos. El Consejo de Administración se integrará por:
I. El Presidente Municipal o su representante, quien presidirá el Consejo;
II. El Tesorero Municipal que, a su vez, será el Tesorero del Consejo;
III. El Director de Obras Públicas Municipales;
IV. El Director General del Consejo, que será nombrado por el Cabildo;
V. Un representante de la Secretaría de Infraestructura y Obra Pública;
VI. Un representante de la Secretaría de Salud;
VII. Un representante de la Comisión Nacional del Agua;
VIII. Cinco representantes de los usuarios de la cabecera municipal, electos por los demás miembros del Consejo de Administración del Sistema, a propuesta del Presidente, y IX. Un representante de cada una de las juntas auxiliares, cuando se traten asuntos relacionados con la localidad a la que pertenezcan.
Por cada Consejero Propietario habrá un Suplente.
Los integrantes del Consejo, distintos al Presidente, al Tesorero y al Director General, tendrán el carácter de vocales.