La Junta de Gobierno es el máximo órgano jerárquico de la estructura organizacional del órgano desconcentrado y tiene por objeto determinar y autorizar las líneas estratégicas y de gestión del Servicio Estatal Tributario de Jalisco, el cual estará integrada de la siguiente manera:
I. La presidencia, que ostentará, la persona titular de la Secretaría;
II. La persona titular de la Subsecretaría de Ingresos; 4 III. La persona titular de la Procuraduría Fiscal del Estado;
IV. Un consejero independiente, designado por el Gobernador del Estado, quien durará tres años en su encargo;
V. Un consejero independiente, representante de universidades designado por el Gobernador del Estado, quien durará tres años en su encargo; y VI. Un Secretario Técnico, que será designado por el Titular de la Secretaría, quien contará con derecho a voz, pero no voto.
Al aceptar el cargo cada consejero independiente deberá suscribir un documento donde declare bajo protesta de decir verdad que no tiene impedimento alguno para desempeñarse como consejero, así como aceptar los derechos y obligaciones derivados de tal cargo, sin que por ello se le considere servidor público en los términos de la legislación aplicable.
Los consejeros independientes deberán asistir cuando menos al setenta por ciento de las sesiones que se hayan convocado en un ejercicio, y en caso contrario, podrá ser designado otro en su lugar.
Los servidores públicos integrantes de la Junta de Gobierno podrán nombrar por escrito a un suplente por ausencia, con nivel jerárquico inmediato inferior, quien podrá en suplencia acudir a un máximo de dos sesiones ordinarias consecutivas.