El Hospital Civil de Guadalajara es un organismo público descentralizado de la administración pública estatal, con personalidad jurídica y patrimonio propios, el cual tendrá por objeto prestar servicios de salud a la población en los términos que se establecen en el presente ordenamiento, en las Leyes General y Estatal de Salud, y se sujetará a lo establecido en el Acuerdo de Coordinación para la Descentralización Integral de los Servicios de Salud, entre los Ejecutivos Federal y el de esta Entidad Federativa. Así también, fungirá como hospital-escuela de la Universidad de Guadalajara para las funciones de docencia, investigación y extensión en el área de salud, cuyos programas académicos se desarrollarán de conformidad con la normatividad de esta Casa de Estudios.
El organismo se conformará con dos unidades hospitalarias: el Antiguo Hospital Civil de Guadalajara “Fray Antonio Alcalde” y el Nuevo Hospital Civil de Guadalajara.