En caso de que no hubiere existido acuerdo o no acudieron al período conciliatorio, convocado entre la autoridad municipal interesada y el o los municipios colindantes, la Comisión notificará tal situación al Congreso y solicitará autorización para integrar una Comisión Especial para la sustanciación de los alegatos.
La Comisión Especial deberá elaborar un proyecto definitivo de límites para el caso particular, en un plazo no mayor a treinta días naturales contados a partir de la fecha en que la comisión especial es integrada para resolver, analizando la postura de las autoridades municipales que intervienen y los elementos aportados en la Carta General, una vez que la misma elaborare el proyecto lo remitirá a la Comisión para que su Órgano Técnico Auxiliar elabore el proyecto de dictamen para su discusión, si el proyecto presentado es aprobado sin modificación en la Comisión se tiene como resolución definitiva y se someterá a consideración del Congreso, en caso de modificación se regresa a la Comisión Especial para un nuevo análisis que no deberá exceder el plazo de quince días.